一、FitHiC 介绍

FitHiC 是一种用于评估染色质交互作用显著性的方法，它可以将 HiC 数据（即染色质水平的交互作用）与基因组组装的基本性质相结合，以检测非随机的染色质结构。FitHiC 可以用于识别和定位染色质结构和功能的边缘，以及定义可能存在的染色质结构和功能的全局模式。

二、FitHiC 的工作原理

FitHiC 使用一种基于模型的方法来评估 HiC 数据的显著性，它将 HiC 数据与基因组组装的基本性质相结合，以检测非随机的染色质结构。FitHiC 的工作原理可以分为以下三步：

1、计算 HiC 数据

首先，FitHiC 需要计算 HiC 数据，即染色质水平的交互作用。这些数据可以从基因组组装中提取，也可以从实验测序数据中提取，通常使用 HiC-Pro 软件来计算 HiC 数据。

2、建立模型

接下来，FitHiC 将使用基于模型的方法来评估 HiC 数据的显著性。FitHiC 使用一种称为随机染色质模型（RPM）的模型来模拟 HiC 数据，它将基因组组装的基本性质与 HiC 数据相结合，以检测非随机的染色质结构。

3、评估显著性

最后，FitHiC 将使用基于模型的方法来评估 HiC 数据的显著性。FitHiC 使用一种称为“最小二乘回归”的方法来评估 HiC 数据与 RPM 模型之间的差异，以确定 HiC 数据是否与 RPM 模型相符。

三、FitHiC 的优点

FitHiC 是一种评估染色质交互作用显著性的方法，它具有以下优点：

1、灵活性

FitHiC 是一种灵活的方法，可以根据用户的需求调整模型参数，以便更好地检测染色质结构和功能的边缘。

2、准确性

FitHiC 使用一种基于模型的方法来评估 HiC 数据的显著性，因此具有较高的准确性。

3、可视化

FitHiC 可以通过可视化的方式来显示染色质结构和功能的全局模式，从而更好地理解染色质的结构和功能。