HOMER 的定义

HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment）是一个用于调控元件发现的开源软件，可以用于发现非编码 RNA（ncRNA），转录因子（TF）结合位点，以及基因组结构变化的区域。它的基本思想是，可以使用单个样本或多个样本，将基因组上的特定区域与有利的调控元件进行比较，以发现结合位点，而不需要构建任何预先的模型。

HOMER peak calling 的步骤

1. 获取样本数据：使用 HOMER 进行 peak calling 需要获取样本数据，包括染色质免疫沉淀（ChIP-seq）数据和 RNA-seq 数据。

2. 数据处理：处理获取的样本数据，去除低质量的序列，将序列比对到参考基因组中，并且计算每个位点的 reads 覆盖度（coverage）。

3. peak calling：使用 HOMER 中的 findPeaks 工具进行 peak calling，它可以比较两组样本的 reads 覆盖度，并发现具有显著差异的位点。

4. 后处理：对 peak calling 结果进行进一步的处理，比如去除重复的位点，计算每个 peak 的大小等。